検索エンジンで上位に表示されるにはページランクをある程度上げる必要があります。ページランクとは、他のサイトからどの程度有益なリンクがあるかを数値化したものです。

誰もリンクしていないサイトは、あまり有意義な情報が無いと判断され、検索エンジンで上位に表示されることはありません(まったく検索の対象にならない場合もあります)。
人気があり、多くの人が訪問するサイトは、有意義な情報があると判断されてページランクが高くなります。そこからリンクされているサイトも有益な情報があるホームページであると評価されポイントが上がります。

それでは、単純に自分よりもページランクが高いサイトからリンクがあれば、それだけで検索結果の上位に表示されるかというとそうではありません。(SEO業者の中には、とてつもない数のリンクを行って順位を操作している実態はありますが…)

ページランクだけではなく、リンク元のページの内容と、リンクされている自分のページの内容が一致していることが重要になります。上位に表示したい検索キーワードとのテキストマッチの適合度が重要になります。

同じテーマのページからリンクされることで、そのページもそのテーマでの評価が高くなり、関連するキーワードで検索された場合に、順位が上がりやすくなるのです。

自分と同じテーマのサイトに相互リンクしてもらうのが一番よいのですが、商用サイトの場合には、競合関係にあったりして、難しい場合もあります。少なくとも自分のビジネスパートナーにはリンクのお願いをして下さい。

このときに、URLを直接記載するのではなく、サイトを説明するキーワードやサイト名をアンカーテキストとして設定してもらうことを忘れないでください。
URLをそのままリンクするのではなく、検索エンジンがそのサイトの内容を正しく判断できるようにすることが重要です。
例:<a href="http://system.livedoor.biz">アクセスアップなら小さな会社のIT活用術</a>

即効性があり、一番効果があるのは、やはりYahoo!などのディレクトリ型検索エンジンへの登録です。ビジネスであれば、お金を払ってでも登録してください。

ディレクトリ型 検索エンジンの登録先一覧
Yahoo対策はディレクトリ登録で

無料のリンク集や相互リンク集に登録する場合、登録するサイトや登録するカテゴリーと自分のサイトのテーマが一致しているものを選ぶようにしてください。

また、多くのリンク集では、CGIを呼び出しているものが多く、直接HTMLに、あなたのサイトがリンクされているものは、少ないようです。検索エンジンが、あなたのサイトへのリンクをHTMLの中から見つけることが出来ないとSEO的には効果は低いようですので注意してください。(その場でデータベースに登録されて、直ぐに表示される自動登録型リンク集は、このタイプが多いようです)

SEO的に期待できる相互リンク集